Mens John støttet Sørstatene, var Edwin Booth sterkt imot slaveriet og talte Nordstatenes sak. Og mens John tok Abraham Lincolns liv, reddet Edwin presidentens eldste sønn fra den visse død.
En dag i 1864 befant Edwin Booth seg på jernbanestasjonen i Jersey City i nordstaten New Jersey. Borgerkrigen raste, og soldater og deres familiemedlemmer myldret frem og tilbake på den tettpakkede plattformen. Presidentens eldste sønn, Robert Todd Lincoln, forklarte senere i et brev hva som så skjedde:
«Jeg sto og ventet på at det skulle bli min tur (til å få kjøpt sengeplass til togets sovevogn, red.). Det var – selvfølgelig – en smal sprekk mellom perrongen og togvognen, og akkurat idet folkemengden presset meg inn mot toget, begynte det å kjøre. Jeg falt med føttene først ned i sprekken, men ble grepet i frakkekragen og dratt opp på perrongen igjen. Da jeg skulle takke, oppdaget jeg at det var Edwin Booth, som jeg naturligvis kjente ansiktet på. Jeg uttrykte min takknemlighet overfor ham.»
I lang tid visste ikke Edwin Booth hvem han hadde reddet. Det fikk han først vite noen måneder etter at lillebroren hadde skutt president Lincoln. Nyheten skal visstnok ha vært en trøst for redningsmannen.