Våren 1531 gikk den spanske oppdageren Francisco Pizarro i land i inkaenes rike på Sør-Amerikas vestkyst. Drevet av begjær etter store mengder gull, sølv og edelsteiner som ifølge ryktene fantes i landet, dro han inn i det ukjente med 180 menn og 37 hester.
Her underla han seg lokalbefolkningen og inntok byene. Med velsignelse fra den spanske kongen Karl I kunne han nå kalle seg guvernør over landet som kolonistene døpte Peru.
Pizarro sendte ut speidere for å finne en passende hovedstad. Inkaenes viktigste by, Cusco, var ikke brukbar. Bebyggelsen lå inne i landet, og spanjolene trengte en utskipingshavn for de rikdommene de håpet de snart skulle frakte hjem til fedrelandet.
Valget falt i stedet på et område i Rimac-dalen på den sentrale delen av kyststrekningen i dagens Peru. I tillegg til beliggenheten ved Stillehavet hadde stedet mildt klima, rikelige forsyninger av drikkevann og store mengder skog til tømmer.
Pizarro og hans følge grunnla byen den 18. januar 1535 og kalte den Ciudad de los Reyes, Kongenes by. Senere fikk byen navnet Lima, lokalbefolkningens navn på elven som renner gjennom hovedstaden.