På 1500- og 1600-tallet ble de franske protestantene kalt hugenotter av sine katolske landsmenn.
Ordet er trolig en fransk omskrivning av det tyske ordet Eidgenosse (forbundsfelle).
Hugenottene var inspirert av reformatoren Jean Calvin (1509-64), som ønsket et teologisk oppgjør med den katolske kirken som størstedelen av den franske befolkningen tilhørte på 1500-tallet.
Midt i århundret vokste tilslutningen til hugenottene så kraftig – særlig blant adelen og borgerskapet – at protestantene ble oppfattet som en alvorlig trussel mot både den katolske kirken og kongemakten.
Spenningen mellom de to trosretningene eskalerte, forfølgelsen av hugenottene økte, og i siste halvdel av 1500-tallet brøt det ut flere store, væpnede konflikter.
Mange hugenottledere ble drept under bartolomeusnatten.
Hatet slo ut i full blomst i august 1572 under den såkalte bartolomeusnatten, der hugenotter over hele Paris ble angrepet og drept av katolikker.
Historikerne anslår at så mange som 2000 protestanter ble drept under den blodige massakren.
I de påfølgende ukene spredte angrepene seg til flere franske provinser og endte med å koste omkring 20.000 hugenotter livet.
Konflikten fortsatte på 1600-tallet og førte til at ca. en halv million franske protestanter flyktet til andre land – bl.a. Danmark. Først i 1787 fikk hugenottene rett til å praktisere sin tro i Frankrike.