Ekspedisjonen skulle bekrefte en teori
Kunne stammer fra Sør-Amerika ha krysset Stillehavet i et primitivt fartøy og bosatt seg i Polynesia? Ja, mente Thor Heyerdahl. Reisen med Kon-Tiki skulle sannsynliggjøre teorien hans.

Besetningsmedlemmene hadde sine spesifikke arbeidsoppgaver på Kon-Tiki.
Gåten om hvordan det polynesiske folket hadde havnet i det isolerte øyriket i Stillehavet, opptok en rekke vitenskapsfolk. I 1940-årene, da Heyerdahl ble interessert i spørsmålet, var de fleste imidlertid blitt enige om at polynesierne måtte ha innvandret fra Asia.
Heyerdahl gikk bokstavelig talt motsatt vei. Han mente at polynesierne – båret av den kraftige passatvinden – var kommet seilende fra øst, nærmere bestemt fra Peru i Sør-Amerika. Heyerdahl bygde teorien sin på at det på flere øyer i Stillehavet fins steinarbeider i form av menneskelignende statuer, trinnformede pyramider og store portaler og murer, lik de som fins i Peru. Han fremhevet også tidligere oppdagelsesreisendes observasjoner av at mange polynesiere var svært lyse i huden.
En innfødt polynesier fortalte Heyerdahl legenden om den peruanske høvdingen Kon-Tiki, som etter et angrep flyktet over havet med en del av folket sitt. Da følte Heyerdahl at brikkene falt på plass. En av innvendingene det etablerte forskermiljøet hadde mot Heyerdahls teori var at det ikke var mulig å krysse Stillehavet med datidens primitive flåter. Den misforståelsen ville han rette opp med Kon-Tiki-ekspedisjonen.
I dag er Heyerdahls teori tilbakevist av DNA-analyser. De beviser at Polynesia ble befolket fra Asia.